法氏囊炎难防难治在蛋鸡养殖业中成为普遍共识，防治此病的关键是延缓发病日龄，在于机体的抗体滴度始终处于较高水平，防治中应注意的是：
①种鸡开产前必须接种两次以上法氏囊灭活苗，从而延长雏鸡体内母源抗体的半衰期，保护法氏囊免遭病毒侵袭。
②一定根据母源抗体水平确定首次法氏囊疫苗接种时间。在鸡的众多疫苗接种过程中，法氏囊疫苗最容易受母源抗体的干扰，母源抗体中和抗原，使疫苗毒株无法刺激机体产生免疫反应，导使免疫失败。由于一般鸡场实验室对法氏囊抗体检测水平低，不容易监测法氏囊抗体滴度，只能根据雏鸡的来源判定。方法是询问供雏的种鸡场是否接种2次以上法氏囊灭活苗，如确实接种，法氏囊母源抗体滴度较高，半衰期都在15～19天，首免可安排在14日龄后进行，未接种法氏囊灭活苗的种鸡场雏鸡，母源抗体滴度低，首免可安排在3～7日龄进行，可以减少母源抗体的干扰。
③首免以滴口、滴鼻、点眼接种疫苗，多点刺激免疫系统产生抗体，比单纯饮水免疫产生的抗体滴度高。
④不论法氏囊疫苗毒株强弱，免疫之后，法氏囊的囊泡都会发生轻微的炎症，使法氏囊的功能暂时丧失。这段时间内接种的各类疫苗均不产生免疫应答，相反其他疫苗还易使机体产生免疫紊乱，影响健康。因此，在法氏囊免疫7日内应禁止免疫其他疫苗。
⑤法氏囊疫苗毒力株的选用有限定，不可随便时间随便使用疫苗毒力株，不可盲目加大疫苗剂量，蛋鸡须慎用中等毒株疫苗。鸡的法氏囊对疫苗株病毒耐受力有限，毒株过强，有可能造成法氏囊不可逆损伤，使法氏囊丧失免疫作用，造成其他传染病发病率上升。
