生物菌肥中含有多种有益菌组成的复合菌群，对作物生长和土壤结构的调控都有很明显的作用。生物菌肥的有益菌含量很多，每克含2亿个以上，少的为2000万个，多为酵母菌、放线菌、芽孢杆菌、木霉菌、钾细菌、磷细菌等，都属土壤中有益微生物。
有益菌越多所占优势越大，土壤中的有害菌（如镰刀菌、疫霉菌）就发展不起来，这就是施用生物菌肥能预防作物疾病的道理。
一、施用生物菌肥的好处
①有机肥和生物菌肥的施入，可以提高土壤结构的通透性，而且由于大量的微生物菌群增加，有机肥的分解也大大加快，这对于新建大棚的土壤结构和养分含量的调节是非常重要的。
②通过施用微生物菌肥，能提高老番茄大棚土壤中有益的生物种群，从而减轻和抑制有害的生物病菌，达到减轻土传病害传播，预防番茄黄叶、着色不良、死棵等，提高番茄的产量和品质。
③微生物菌肥的施入，大大提高了土壤中有益微生物含量，微生物又能分解土壤中已被固定的磷、钾、钙、镁等元素，还能减轻土壤的盐渍化。
④微生物茼肥能提供部分番茄生长的各种养分，特别是中微量元素，能协调土壤溶液的酸碱度。另外，生物菌所分泌的物质可能刺激生长激素的合成和传导，是作物正常生长所不可缺少的。
二、番茄施用生物菌肥注意事项
①要根据本地区的土壤酸碱度、土壤水分等来选择生物菌肥。
②生物菌肥受温度、土壤水分的影响很大，田间施用时要特别注意大棚中的温度和土壤水分管理，高温或干旱不宜施用。
③作为防番茄死棵施用，生物菌肥本质上是预防性的，如果是新建的大棚效果良好，连作的大棚死棵现象不重也适用。如果正在发生大量的死棵，再用生物菌肥去治疗是不科学的，应该立即采取化学防治的方法。如金雷或普力克混加苯醚甲环唑或氟硅唑灌根，等死棵问题解决以后，再冲施生物菌肥预防。