一、番茄穴盘育苗的好处
目前，很多地方番茄穴盘育苗方法已经基本取代了传统的育苗方式。与土壤育苗相比，具有明显的优势：
所用基质经过杀菌消毒，病原菌减少，减轻了根部病害的发生；所用基质质量轻，方便育苗操作、管理和定植；所用基质通风透气性好，有利于根系发育，所育苗子健壮、整齐。
二、番茄育苗后定植的注意事项
(1)番茄苗定植前要进行消毒和防病
一般用杀菌剂消毒或生物菌剂防病。穴盘育出的番茄苗定植后，由于环境的改变，容易发生疫霉根腐病等根部病害，可导致严重死棵，因此定植前需要用杀菌剂或生物菌剂再度处理后再出售或定植。具体的做法：
在穴盘育出的番茄苗定植前，可以先用72.2%霜霉威水剂600倍混加50%琥胶肥酸铜(dt)500倍等蘸根或全面喷洒消毒基质。
另外，也可以在育苗时，在基质中施入一定量的生物菌肥，如激抗菌968、大源、肥田生、六和等，补充基质中缺乏的有益微生物，防止病原菌“乘虚而入”，起到预防根部病害的作用。
(2)定植番茄苗大小要适宜
采用穴盘基质育苗时，较小的苗子定植较好。穴盘的容积有限，其基质所供应的养分也是有限的，因此苗子不可过大。苗子过小，不方便定植，根系过少未形成根坨，基质易散。一般情况下，番茄苗定植一般在5～6叶1心期最为合适。
(3)取苗要注意先捏后提，防止伤苗
先捏后提，就是指在取苗时先从穴盘下部捏一下，松动穴盘内的基质，防止取苗时难以取出，用力过大而出现散坨，伤根伤茎严重等问题。
此外，番茄茎秆上有一些茸毛，这些茸毛可以减少病原菌的侵染，如果定植时用力过大把茎秆上的茸毛弄掉了，后期就更容易感染病害。
(4)定植时土壤的深度要适宜
定植时一般在育苗坨上覆盖少量土壤即可。过深易导致土壤病害加重不利于根系伸展，过浅苗坨易失水、缓苗慢。不同的蔬菜种类，覆土深度也不相同。番茄的根系较弱，少覆土有利于根系的生长，促进缓苗。
(5)定植后不宜进行漫灌
刚刚定植时，番茄苗的根系受损，伤口尚未愈合，若立即大水漫灌，则容易出现沤根等，不利于缓苗。
一般在定植前浇水，保持土壤较高的湿度，在定植时则只用水壶浇少量的水，几天之后再浇大水，这在冬季尤为重要。