危害厚朴的病害主要有立枯病、叶枯病、根腐病等；危害厚朴的害虫主要有褐天牛、金龟子、白蚁等。
一、厚朴立枯病
厚朴立枯病一般发生在苗期，幼苗出土不久，靠近地面的植株茎基部缢缩腐烂，呈暗褐色，形成黑色的凹陷斑，幼苗折倒死亡。病原属半知菌亚门、丝孢纲、无孢目、无孢科、丝孢菌属真菌。病原菌以菌丝体或菌核在土壤中或病残组织中越冬。在土壤黏性过重、阴雨天等情况下发生严重。
防治方法：选择排水良好的沙质壤土种植；雨后及时清沟排水，降低田间湿度；发病初期，用5%石灰液浇灌植株，每隔7天1次，连续3-4次。
二、厚朴根腐病
厚朴根腐病主要发生在幼苗期，根部首先变褐色，逐渐扩大呈水渍状；后期，病部发黑腐烂，苗木死亡。病原属半知菌亚门、丝孢纲、丛梗孢目、瘤痤菌科、镰孢属真菌。病原菌以菌丝体在土壤或病残组织中越冬。生长期，一旦有适宜条件即可发病。天气时晴时雨、土壤积水、幼苗生长不良等促使发病。
防治方法：生长期应及时疏沟排水，降低田间湿度，同时要防止土壤板结，增强植株抵抗力；发病初期，用50%多菌灵可湿性粉剂500-1000倍液，每隔15天喷1次，连续喷3-4次。
三、厚朴叶枯病
病原属半知菌亚门、腔孢纲、球壳孢目、球壳孢科、壳针孢属真菌。病原菌以分生孢子器附着在寄主病残叶上越冬，成为翌年的初次侵染来源。生长期，分生孢子借风雨传播，引起再次侵染，扩大危害。
防治方法：及时摘除病叶，烧毁或深埋；每隔7-8天喷1次1%石灰等量式波尔多液或50%退菌特可湿性粉剂800倍液，连续2-3次。
四、褐天牛
初孵幼虫蛀入树皮在皮下蛀食，约经6周向木质部蛀入。防治方法：夏季检查树干，发现孔洞可用钢丝钩杀初孵幼虫；5-7月成虫盛发期，在清晨检查有洞孔的树干，捕捉成虫。
五、金龟子
越冬成虫于6-7月份，夜间出动咬食厚朴叶片，造成缺刻或光秆，闷热无风的晚上更为严重。防治方法：冬季清除杂草，深翻土地，减少越冬虫口；施用腐熟的有机肥，施后覆土，减少产卵量；危害期用50%辛硫磷乳油或80%敌敌畏乳油1000-1500倍液喷杀。在金龟子危害较严重的林区，可设置40瓦黑光灯诱杀其成虫。
六、褐边刺蛾和褐刺蛾幼虫
褐边刺蛾和褐刺蛾幼虫咬食叶片成孔洞，可喷80%敌敌畏乳油bt乳剂300倍液毒杀。
