肉鸭种蛋的来源首先应注意种鸭的品质，选择那些遗传性能稳定、生产性能优良、繁殖力较高、健康状况良好的鸭群的种蛋。选择和处理肉鸭种蛋，要特别注意以下三个方面：
(1)种蛋选择
首先要选择健康鸭群产的良好种蛋，才能孵出健康的雏鸭。把选择好的种蛋小头朝下放置在孵化盘中，剔除不合格蛋。合格的种蛋蛋重为80～110克，符合本品种颜色特征，蛋表面清洁、无裂痕、无暗纹、无破损，不能过大、过长和过圆，蛋形指数在1.35～1.45。过大、过小的种蛋、沙皮蛋、薄皮蛋、软皮蛋等都不能入孵。可用白乳胶或指甲油、火棉胶进行种蛋修补，应尽量缩小修补面，避免过多地堵塞蛋气室孔，使胚胎呼吸困难。
(2)种蛋消毒
在种蛋捡出时就要消毒，可避免病原体进入蛋内，带入孵化场。冬季由于温度低、空气干燥，熏蒸消毒时可采用3～4倍量浓度，并在甲醛溶液中加入等量的温水以增加消毒湿度，可达到满意的消毒效果。熏蒸最佳温度为24～27℃、湿度75%～80%，可用2倍量浓度入孵熏蒸25分钟，也可采用1:1600百毒杀或0.1%的新洁尔灭进行消毒。
(3)种蛋保存
捡蛋一定要勤，但不要使种鸭受到惊吓。冬季严寒时一定要严防种蛋受冻，注意保温。种蛋运往孵化场时一定要“轻、稳”，避免震荡，消毒后入库保存。实践证明，保存3～4天的种蛋比新鲜种蛋的孵化率高，但保存7天以上孵化率明显下降。保存3～4天的种蛋温度保持在18℃左右，不能忽高忽低，相对湿度保持在70%～80%。保存超过7天的种蛋，温度要降至13～16℃。蛋库湿度提高至80%左右，2～3小时翻蛋1次，减少蛋库的通风量，防止种蛋失水过多。
