大棚种植秋西瓜，由于生长前期气温高、空气干燥，真菌、细菌萌发条件差，且植株处于营养生长阶段，抗性较强，因此植株发病较少，但此时段虫口密度大、繁殖快、活动范围广，要注意防治蚜虫和烟粉虱及由它们引发的病毒病。
(1)瓜蚜的防治
在田间点片发生阶段就要开始用药，可选用的药剂有35%连胜（吡虫啉）悬浮剂，或10%吡虫啉可湿性粉剂，或25%噻虫嗪水分散粒剂，或20%诺吉（啶虫脒）乳油，或1.8%龙灯（阿维菌素）乳油，或0.5%苦参碱水剂，每星期用药1次，连用2-3次。
(2)烟粉虱的防治
烟粉虱由于繁殖快、世代重叠，一经发现必须连续几次用药严防扩散，可选用20%莫比朗（啶虫脒），或25070阿克泰（噻虫嗪）水分散粒剂，或10%吡虫啉可溶剂，或10.8%可汗（吡丙醚）乳油（该药剂对虫卵有很强的杀灭作用）喷雾。
(3)白粉病的防治
白粉病的致病菌是一类比较耐高温、高湿和干燥的真菌，高温高湿的环境有利于该真菌孢子萌发，干燥又有利于孢子扩散，因此干热风过后病势会急剧加重。
在植株结瓜后，生长的重心转向幼瓜膨大，植株茎叶的抗性相应减弱，防病更是要早要及时。结瓜前或一结瓜就应先喷施阿米西达、百菌清等广谱性的杀菌剂预防，一旦发现有零星病灶，要及时摘除病叶，装袋带出棚外，再用药剂防治。
药剂可选用62.25%仙生（腈菌•锰锌）可湿性粉剂，或10%世高（苯醚甲环唑）水分散粒剂，或30%好力克（戊唑醇）可溶性粉剂，或40%福星（氟硅唑）乳油，或2%加收米（春雷霉素）水剂，或15%粉锈宁（三唑酮）可湿性粉剂，或25%腈菌唑，或2%抗菌霉素（农抗120）水剂，以上药剂交替使用，每隔1周喷1次，连续喷2-3次。
(4)注意防治蚜虫和烟粉虱引发的病毒病
由于病毒侵入植株细胞的dna，并伴随细胞的增殖而繁殖，所以目前尚无治疗该病的特效药，病毒a、菌克毒克只能抑制病毒发展，但不能杀灭病毒，因此控制和杀灭蚜虫、烟粉虱等传毒媒介以切断其传播途径、防止病势扩散就显得尤为重要。
