饲料中之所以明确禁止使用抗生素，其主要目的在于显著降低环境因子给动物带来的胁迫应激，有力地增强动物的免疫力，有效地推动动物的生长以及切实做好疫病的预防工作，与此同时，还能够显著减少药物残留以及细菌耐药性方面的问题。
具体来讲，主要体现在以下三个重要方面：
一、抗药性方面的问题
如果长期并且广泛地运用抗生素，不但会致使病原菌的耐药菌株数量大幅增多，而且还会催生强大的抗菌性，从而对药物的治疗成效产生严重的不利影响。就如同喹诺酮类药物，在刚刚上市短短几年的时间内，山东所有地区的致病菌就都对其产生了抗药性。
在我国的众多地区，为了能够维持其应有的效用，金霉素在饲料中的添加量已经提升至推荐剂量的2-3倍之多。在中东部经济发达的省份以及抗生素使用极为频繁的区域，志贺菌几乎达到了百分之百具备抗药性的程度，其中四环素类抗生素的这种情况表现得尤为突出和显著。
二、微生态平衡方面的问题
大量丰富的研究成果充分表明，有益菌群例如乳酸杆菌、双歧杆菌能够极大地促进宿主肠壁组织结构的良好发育，有效地分解抗营养因子，显著提升某些营养物质的消化利用率，通过在营养和空间方面展开激烈的竞争，进而形成优势菌群来有力地抑制有害菌的繁殖与生长。
正常的状况下，肠道菌群在数量、种类以及定植部位上能够始终保持均衡稳定的状态，然而一旦这种精妙的平衡被打破，就会严重抑制畜禽的生长，使其对疾病变得更为敏感和脆弱。
抗生素特别是那些广谱性抗生素，在成功消灭病原菌的同时，也对人类和动物胃肠道的有益菌群进行了无情的抑制，造成机体内菌群出现严重的失调，进而引发一系列的消化功能紊乱问题。
三、药物残留方面的问题
这是抗生素作为饲料添加剂所存在的主要争议之一。世界卫生组织在近期明确要求各国对牲畜抗菌药进行严格的限制，特别着重强调对于治疗肉用畜禽疾病的各类抗生素必须要具备相应的处方。
抗生素的肆意滥用很可能会形成各种各样的耐药性，从而致使动物产品中出现令人担忧的药物残留，并且能够通过食品将这种耐药性传递给人类，进而引发难以治愈的棘手疾病。
