衣原体是一类专性细胞内寄生、有独特发育周期的、介于细菌和病毒之间的革兰染色阴性的微生物。
由于不同种感染的症状有较大差异，感染羊只通常情况下没有明显的临诊症状。但根据流行病学调查，主要有三种临诊表现。
(1)母羊流产
当母羊怀孕2-3周后可发生流产，大多数流产于妊娠的最后一个月。初次感染时流产率可高达全群的1/3。一旦变成地方性流行，每年流产1%-5%。但流产通常发生于年轻母羊，开始感染后1-2天出现发热，但流产前无明显感染症状。
大部分胎儿胎衣同时排出，少部分胎衣不下，流产时流出黄白色糊状脓性排泄物，持续1周左右，大羊很快消瘦，罕见死亡。其中一部分羊在怀孕后期流产，则会产生死羔和弱羔（羔羊一般不会存活），同时排出大量黄白色糊状排泄物，个别羊出现难产，母羊有肚痛和怪叫声。
(2)羔羊关节炎
羔羊发病率高，但死亡率低，本病以发热、强直、跛行、厌食和结膜炎为特征，关节肿大一般不明显，偶有脑炎等。
(3)呼吸系统疾病
近来不少地方反映肉羊发生呼吸困难，流鼻涕并有脓样分泌物等症状，并有部分病羊因窒息而死亡。病原分离显示与衣原体有关。也有可能是混合感染或应激等诱发衣原体暴发。因为家畜嗜衣原体也常在健康绵羊的肠道内被分离到。
羊群可用药物防治：四环素，每千克体重15毫克，混入饲料或口服，连用5-7天；甲砜霉素，每千克体重5毫克，混入饲料或口服，连用3天；红霉素，每千克体重5毫克，混入饲料或口服，连用3-5天；磺胺嘧啶，每千克体重15毫克，混入饲料，连用5天；土霉素，每千克体重10毫克，混入饲料，连用5-7天。
