水分对农作物具有重要的生态作用：可以改善农田的小气候环境，如增加农田的湿度，使土壤表面、近地面空气层的温度变化趋于缓和等。
但是，水体对排入其中的某些物质具有一定的容纳限度，可使排入物质的浓度自然降低，不至于引起危害，这个作用称为水体的自净作用。但排入的物质过量，超过了水体的自净能力，就可以说水体受到了污染。
这些有害物质包括农药、重金属及其化合物，过量的无机化学物质，油类、酚类等有机物质，以及致病微生物等。水污染的来源主要是未加处理的工业废水、生活废水、医院污水、不合理的施肥用药等。
受污染的水从各种途径对农业生产产生影响，如有机物质在水体中分解时要消耗大量的溶解氧；酸、碱污水能使水体和土壤ph值发生变化；钙、镁盐能提高水体硬度；重金属及其化合物等有毒有害物质能被农产品富集等。
水污染造成的后果，一是直接影响农作物生长发育，轻者降低农产品的产量和品质，影响其食用价值和经济价值，严重的直接造成作物死亡绝收；二是对农产品的质量安全产生影响，农作物吸收其中的重金属、农药等，造成收获物有毒有害物质超标，危害人畜健康。
我国现有的《农用灌溉水质标准》于1992年批准发布，2005年进行了修订，其灌溉水质中主要污染物包括16种基本控制项目指标和11种选择性控制项目指标，包括五日生化需氧量、化学需氧量、阴离子表面活性剂等生化指标；汞、镉、砷、铬（六价）、铅、铜等重金属；全盐量、氯化物、硫化物、氟化物和氰化物等无机盐；粪大肠菌群数量、蛔虫卵数等生物指标；石油类、挥发酚、苯和三氯乙醚等有机污染物；硼、硒等微量元素。
