芝麻常见病害有茎点枯病、立枯病、疫病、锈病等；主要害虫有地老虎、蚜虫、芝麻天蛾、盲蝽等。
一、芝麻茎点枯病
主要为害植株的根茎及蒴果，根部先变褐腐烂，随后地上部萎蔫枯死。
成株期发病多从植株地下根茎开始变褐腐烂，而后向上扩展到茎基部和茎中下部，有时病菌也可直接侵染茎秆中下部，在茎秆上病部呈褐色水渍状，条件适宜时并不很快绕茎一周，变为黑色萎蔫下垂，严重时整株枯死。
该病由真菌半知菌引起，防治的最好办法是轮作，药剂可选用50%多菌灵喷雾，也可用92%噁毒磷消毒。
二、芝麻立枯病
初发病时，幼苗茎基部产生褐色病斑后绕茎部扩展，在最后茎部隘缩成线状，然后幼苗折倒，遇高温缺水时，下部叶片萎蔫，严重的死亡。防治可选50%多菌灵1000倍液，或用98%噁霉灵2500倍液灌根，每10天1次，连续2-3次。
三、芝麻疫病
该病主要为害芝麻茎基部、茎部、蒴果和叶片。茎基部受害后初呈暗绿色水渍状，后呈红褐色，凹陷，皮层纵裂，严重时全株枯死，7月份芝麻现蕾时始发病，8月份达发病高峰，多雨潮湿受害严重。主要采取栽培防治方法如下。
(1)及时清沟排水，防止田间积水，降低田间湿度。
(2)叶面喷施磷钾肥（磷酸二氢钾）及微量元素肥，增强芝麻植株的抗病能力。
(3)用多菌灵800-1000倍液喷雾防治。注意要喷至根基部，1周1次，连续2-3次。
四、芝麻锈病
芝麻叶片出现锈斑是较为典型的锈病症状。近期的气候特点非常有利于锈病的扩散蔓延，建议立即选用40%世高2000倍液或40%福星3000倍，叶面喷雾，每周1次，连续喷雾3-4次。
五、地老虎
(1)毒饵诱杀幼虫。在幼虫1-2龄发生盛期，将菜叶切碎或碾碎炒香的棉籽饼，均匀喷上90%晶体敌百虫400-500倍液，傍晚时撒到植株行间或根边。
(2)喷药防治。在1-2龄幼虫发生高峰期用药，喷药选择在傍晚进行。药剂可用5%甲维盐粉剂20克／亩（3000-4000倍液），或其他甲维盐类毒死蜱复配剂。
六、蚜虫、芝麻天蛾
蚜虫、芝麻天蛾、可用凯欧或用敌百虫倍液喷施，效果很好。
七、盲蝽
能治蚜虫的农药对盲蝽都有很好的防治效果，如1000倍的90%敌百虫、2000倍的5%的锐劲特、3000倍的20%杀灭菊酯等。
盲蝽发生重的年份和田块需单独用药防治，用药适期以盲蝽2-3龄若虫期为佳。由于盲蝽成虫善飞，一般用机动弥雾机喷药的效果好；也可用多台手动喷雾器同时从田四周向内包围喷雾。
