通过土壤消毒防治消灭根结线虫包括石灰氮处理，土壤，药剂熏蒸土壤等方法。
高温季节将石灰氮与土壤充分混合﹐加入草、秸秤等未腐熟有机物，然后灌水覆膜。石灰氮分解时产生的氰胺液可促进有机物的腐熟，面有机物腐熟的过程中又会产生热量，可使土壤较长时间保持较高的温度，使土壤中的病原菌和根结线虫及虫卵等在短时间内失去活性，达到良好的防治效果。
具体操作方法是:
选择6～8月设施蔬菜夏季休闲季节，该时期在一年中天气最热、光照最好，将前一季蔬菜残留物清出菜田，每亩施用侧成小段的稻草、麦秸或有机物1000～2000千克，深翻入土中，深度30～40厘米。深翻两遍后整平起垄微50厘米宽畦，用无破损旧膜将土壤表面完全封闭，防止土壤水分散失、温度降低。
封闭后从薄膜下往畦间灌满水，直至畦面充分湿润为止，但不能一直积水。然后将温室完全封闭，使得20厘米土层内温度达到40℃，维持7天，或37℃维持20天，即可有效杀灭土壤中的真菌、细菌﹑根结线虫等有害生物。消毒完成后翻耕土壤应控制深度30～40厘米为宜，以防止把土壤深层的有害生物翻到地表)，瞭晒3～5天后方可播种或定植。
