常见番茄根腐病有镰刀菌果腐病、丝核菌果腐病和细菌性果腐病三类。关于三种番茄果腐病的症状特征，请参阅番茄果腐病的种类、主要症状和发生规律一文，这里专门谈谈不同类型的番茄果腐病防治上有何异同点问题。
一、不同的番茄果腐病防治上相同部分
移栽前或收获后，清除田间及四周杂草，集中烧毁或沤肥；深翻地灭茬、晒土，促使病残体分解，减少病源和虫源；育苗的营养土要选用无菌土，用前晒三周以上；和非本科作物轮作，水旱轮作最好。
选用抗病品种，选用无病、包衣的种子，如未包衣则种子须用拌种剂或浸种剂灭菌；育苗移栽，播种后用药土覆盖，移栽前喷施一次除虫灭菌剂，这是防病的关键。
及时中耕培土，培育壮苗。移栽时汰除病、弱苗；选用排灌方便的田块，开好排水沟，降低地下水位，达到雨停无积水；大雨过后及时清理沟系，防止湿气滞留，降低田间湿度。
土壤病菌多或地下害虫严重的田块，在播种前撒施或沟施灭菌杀虫的药土，施用酵素菌沤制的堆肥或腐熟的有机肥，增施多粘芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌等生物菌肥；适当增施磷钾肥，加强田间管理，培育壮苗，增强植株抗病力，有利于减轻病害。
及时防治害虫，减少植株伤口，减少病菌传播途径；发病时及时清除病叶、病株，并带出田外烧毁。
二、不同的番茄果腐病防治上用药区别
1、番茄镰刀菌果腐病、丝核菌果腐病选用的化学防治基本一致，可用50%多菌灵可湿性粉剂600倍液(30斤水加入25克)、15%恶霉灵水剂750倍液(30斤水加入20克)、70%甲基硫菌灵可湿性粉剂600倍液(30斤水加入25克)、70%嘧霉胺水分散粒剂1500倍液(30斤水加入10克)两两混配喷防，每隔7天，连喷2次以上。
2、番茄细菌性果腐病在发病初期及时进行药剂防治，可用20%噻菌铜悬浮剂500倍液(30斤水加入30克)、20%乙蒜素乳油（特效杀菌王）1500倍液(30斤水加入10毫升)、72%农用硫酸链霉素3000倍液(30斤水加入5克)，或77%氢氧化铜可湿性粉剂600倍液(30斤水加入25克)喷雾防治。
