(1)农业防治
加强田间管理，培育无虫苗，在定植前对有虫源的温室进行闭棚熏蒸，并将带有拉美斑潜蝇卵、幼虫、蛹的残株进行掩埋、堆沤、对沤时可用1日塑料将其盖住，四周压实，在阳光照射下密闭2～5天就可有效的杀灭斑潜蝇。
(2)物理防治
利用拉美斑潜蝇对黄色具有较强趋性这一特性，把30厘米x40厘米三合板涂成中黄色，晾干后再将机油和黄油按5:1的比例调好后均匀的涂在黄板上，也可用falcon长效不干胶黄板、sczb不干胶黄卡板和金黄色塑料板涂黏虫胶，在拉美斑潜蝇发生初期把黄板用木棍固定在温室内或用绳系在温室的结构架上，方向设置为东西向，间距6米，每667平米温室一般设置15～20个，根据作物种类设置黄板的高度，即可捕捉到大量成虫，降低虫口数量。
另一种方法是利用聚乙烯网纱将温室风口罩住，将拉美斑潜蝇隔离使之不能接触到寄主植物。
(3)化学防治
在成虫高峰期至卵孵化盛期或在初龄幼虫高峰期，可选用1.8%阿维菌素乳油2000～3000倍液；50%灭蝇胺可湿性粉剂3000倍液、10%溴氰虫酰胺可分散油悬浮剂15000～20000倍液、5%氟虫脲乳油、或25%灭幼脲悬浮剂1000倍液；1.8%阿维高氯乳油1500倍液、48%毒死蜱乳油1000倍液、10%氯苯醚菊酯乳油2000倍液等喷雾防治。
