多种动物不能混养，是确保畜禽场生物安全的重要措施之一。以禽流感为例，如果一个蛋鸡场混养了其他动物，将会造成以下危害。
(1)禽流感病毒既可以通过直接接触传染，也可以通过羽毛、粪便、分泌物排毒而污染水源、饲料、用具等间接传播。病毒在某生物体内反复感染、传代，将会使病毒毒力不断增强，强的病原将对易感动物造成更大的致病性。
(2)猪、雪貂、水貂、猴和人等都能被来自禽类的流感病毒感染，表明病毒有种间互感的可能。其原因就是，病毒在互感过程中会变异，而混养提供了变异的场所。
混养造成病毒的种间传播，会形成更大的公共卫生问题与危害。
(3)病毒在有细菌提供病毒裂解酶的促进下，能侵袭机体细胞并大量复制增殖而产生为害。因此，搞好环境卫生、减少细菌酶的产生，是防止病毒为害的根本措施。多种动物混养，环境不易控制，会大大增加细菌的种类，从而促进病毒感染发病。
另外，混养会使饲料的利用率降低。比如鸡、鸭、鹅混养，它们各自需要的营养水平不同，对饲料的要求也不一样，如果同喂一种混合饲料，必然造成饲料利用率的降低，出现饲料浪费。
