大棚内湿度大，一些病菌孢子在高湿环境中萌发，容易感染植株患上疾病。大棚栽培甜瓜应做好以下几项工作。
(1)开通、挖深排水沟渠
及时排除沟内积水。西甜瓜植株根系不耐涝，需及时排走沟内积水，避免根系受淹损伤，促使根系生长健壮并向纵深发展。
(2)保温、勤晒苗，增强光合作用
白天视光照和棚温开启或掀动小棚、中棚膜增加光照晒苗，增强光合作用，加快换气降低湿度。
晴天白天温度高、光照好，要早揭晚盖延长晒苗时间，温度低，要晚揭早盖保温促生长。白天棚温高于28℃，揭去小棚和中棚膜，打开背风大棚门的上部膜，降温排湿。
只要棚温度许可，要尽量多揭膜勤晒苗，既增加了光合产物，增强植株抗性，又降低了小环境的湿度、减少发病。
(3)不浇或少浇水，不整或少整枝
2-3月移栽的西甜瓜此时叶片不多、植株体尚小，植株的茎、叶和根系生长所需养分均靠幼小植株的光合作用提供，过度整枝会影响光合产物的积累，不利于植株生长。此阶段植株的需水量不大，只要土壤墒情好，可以不浇水，避免浇水增加湿度、降低地温，减缓植株生长。
(4)合理安排时间实施甜瓜管理
整枝、理蔓、压蔓、去除病叶老叶、打药水等应放在晴天上午进行。
有些早移栽的植株个体较大，需整枝打顶的应放在晴天上午进行，晴天有光照，棚温高，可揭起小棚和中棚膜便于操作，并且棚温不低也不影响植株生长。上午整枝理蔓后，经太阳一晒后伤口收干不易感病。上午打的药水经太阳一晒，植株表面水渍收干，不易感病。
甜瓜最忌阴雨天整枝，雨天整枝伤口就是病菌的最好感染点。
(5)做好防病治病工作
甜瓜的主要病害有蔓枯病、炭疽病、细菌性角斑病和软腐病，药物防治包括：
①枯萎病。发病初期选用使百克2000倍液灌根，或55%敌克松可湿性粉剂500倍液灌根，还可用70%甲基托布津1000倍液灌根。
②炭疽病。用75%百菌清800倍液喷雾，或25%阿米西达悬浮剂1500倍液喷雾，或70%甲基托布津700-1000倍液喷雾。
③蔓枯病。发病初期阿米西达悬浮剂50倍液、甲基托布津20-30倍液或百菌清50倍液涂茎，或在发病初期用代森锰锌600倍液喷雾，还可用77%可杀得600倍液喷雾。
④细菌性角斑病和软腐病。可用75%农用链霉素4000倍液喷雾或用77%可杀得600倍液喷雾（避开高温）。
