(9)球虫的耐药性超强，一种新上市的球虫药只需使用3次，就可以检出耐药虫株，因此，无法找出一种万能球虫药。临床上经常有养殖户说，这个球虫药好用，那个球虫药不好用，其实好用不好用都是相当的。在治疗球虫病时，采用“穿梭用药”、“搭配用药”等方法，可以克服球虫的耐药性，达到治疗目的。
(10)球虫病治疗期间不宜使用促进球虫发育的物质，如：麸皮、碳酸钙、高蛋白质、高维生素饲料等。早期发现球虫感染，早治好于晚治。肉鸡饮水突然上升，预示球虫病将爆发，这时投药效果最佳。
(11)球虫造成强烈的免疫抑制，球虫感染期内不宜接种各类疫苗，接种疫苗之前，最好用几天抗球虫药物。
(12)雏鸡消化功能不健全，小肠内缺乏胰凝乳蛋白酶和胆汁，不能将球虫孢子卵囊膜消化后脱去，所以在15日以内的雏鸡很少发生球虫病。近年来，由于饲料内各种酶制剂的大量添加，本病有逐渐提前的趋势。
(13)急性盲肠球虫病造成雏鸡死亡，常常被养殖户关注。其实最大的危险还是小肠球虫病，它症状不明显，只是感到肉料比高，粪稀，发育迟缓，鸡并不死亡。如果不加治疗，因为它造成免疫抑制和肠道黏膜损伤，很快引起肠毒、大肠杆菌病、坏死性肠炎，甚至流感、新城疫、气囊炎等病症，伴有小肠球虫病的鸡病很难用药物治愈。
