大豆根系着生有密密麻麻的根瘤，根瘤菌有固氮作用。有些人认为“种植大豆不用施肥、特别是氮肥”，这种认知是错误的。许多的大豆创高产事例告诉我们：不施肥很难高产。
从大豆养分吸收规律及土壤养分平衡分析，适量增施氮、磷、钾肥及硼锌微肥是必要的，施肥时期掌握在大豆初花期。
1、大豆宜用氮肥作种肥
大豆出苗后，由于种子中的含氮物质已基本用完，而这时根瘤尚未形成，或者固氮能力还弱，苗期常会出现缺氮现象。播种时用少量氮肥作种肥，对幼苗有促进根、叶生长的作用。大豆田施用有机肥时，一定要先腐熟，防止带菌、带毒和烧苗；施用化肥时一定要将种子与肥料隔离开来，以免烧种、烧苗。
2、大豆要巧施磷肥
磷对大豆根系生长有促进作用也有利于大豆根瘤的形成。当土壤中磷的供应不足时，大豆根瘤菌虽然能侵入根中，但是不结瘤。
磷对根瘤中氨基酸的合成以及根瘤中可溶性氮向植株其他部分转移都有重要作用。
磷肥在土壤中移动性小，容易被吸附固定，因此磷肥应该与有机肥混合堆沤后，采用沟施、穴施等集中施用较好。每亩施用过磷酸钙15-25kg，缺磷严重的土壤，用量可适当增加。
钼肥是根瘤固氮必不可少的微量元素，土壤缺磷的情况下，单施钼肥反而使根瘤减少。
3、化肥不能代替有机肥
为什么说有机肥料具有化肥不可替代的重要作用呢？主要有以下五个方面的原因：
(1)有机肥料改善了土壤理化性状，提高了土壤肥力；
(2)促进了土壤微生物的活动；
(3)养分全面，肥效持久；
(4)便于就地取材，降低了施肥成本；
(5)维护和促进了土壤养分平衡。
